En la Edad Media, la Iglesia Católica empezó a considerar la herbolaria como una forma de brujería, y a perseguir a las mujeres que la practicaban. La Iglesia veía a las plantas como una creación de Dios, y por lo tanto, solo podían ser usadas con fines religiosos o con la autorización de los clérigos. Las mujeres que usaban las plantas para otros fines, como la medicina, la cosmética o la anticoncepción, eran vistas como rebeldes, herejes o pecadoras, que se apartaban de la voluntad divina y se aliaban con el diablo. La Iglesia también veía a las mujeres como seres inferiores, débiles y tentadores, que podían caer fácilmente en la seducción del maligno, y que podían corromper a los hombres con sus encantos o sus venenos. La Iglesia creó el Malleus Maleficarum, un manual que describía la conducta de las supuestas brujas de la época, haciendo énfasis en que eran “seres sin moderación en la bondad o el vicio”. Este manual fue usado por la Inquisición, el tribunal eclesiástico que se encargaba de juzgar y castigar a los sospechosos de brujería, y que tenía el poder de confiscar sus bienes, lo que suponía un beneficio económico para la Iglesia.
En el siglo XVII, se produjo uno de los episodios más trágicos y famosos de la caza de brujas, los juicios de Salem, en Massachusetts, Estados Unidos. Todo empezó cuando unas niñas empezaron a tener convulsiones, alucinaciones y comportamientos extraños, que los médicos no pudieron explicar. Los habitantes del pueblo, influenciados por el fanatismo religioso y el miedo, creyeron que se trataba de un hechizo, y empezaron a acusar a varias mujeres de ser las responsables. Entre las acusadas, había algunas que sabían de herbolaria, como Tituba, una esclava de origen caribeño, que había enseñado a las niñas algunos remedios y juegos con plantas. Tituba fue la primera en confesar, bajo tortura, que era una bruja, y que había visto al diablo y a otras mujeres con él. Sus confesiones provocaron una histeria colectiva, que llevó a más de 200 personas a ser acusadas de brujería, de las cuales 19 fueron ejecutadas en la horca, y una aplastada por piedras.